La Universidad del Istmo (UNIS) incursionó en el ámbito educativo guatemalteco en el año 1996. Con el respaldo de la experiencia de tres décadas que poseía el Instituto Femenino de Estudios Superiores (IFES) fue autorizada en septiembre de 1997.
El 2 de febrero de 1998 la universidad abrió sus puertas con 210 alumnos inscritos. Las facultades fundadoras fueron la de Ciencias Económicas y Empresariales y la de Arquitectura y Diseño.
En el 2001 comenzó operaciones la Facultad de Derecho. Tres años después, se constituyó la Facultad de Comunicación, y en el 2005 la Facultad de Educación y la Escuela de Ingeniería.
El primer acto de graduación fue en febrero de 2003. Y a partir de éste se organizan dos graduaciones anuales.
Desde su fundación es una obra corporativa del Opus Dei. Esto quiere decir que al Opus Dei se le confía la orientación doctrinal y moral de la formación que se imparte. La antropología de fondo, que es el modo de entender al hombre y a la sociedad que tiene la UNIS, es una antropología cristiana.
A juicio del licenciado Luis Roberto Sarmiento, Secretario General (1998-2008), la UNIS tiene un gran reto: “El proyecto actual más importante es consolidarse, las facultades actuales tienen que asentar su prestigio, deben luchar porque éste crezca. La primera década de la universidad fue ese crecimiento inicial fuerte, los próximos diez años serán de asentamiento y de consolidación”.

