Puertas adentro, el gobierno es colegial. Esto quiere decir que todas las decisiones y acciones son fruto de un consenso. No quiere decir esto que no existan diferencias de opiniones y todos piensen de manera uniforme. Consenso significa que ante una decisión todos aportan su criterio y también todos ejecutan las acciones con el mismo entusiasmo.
Convenio con la Prelatura del Opus Dei
La Universidad del Istmo desea que todas sus actividades académicas estén orientadas por el espíritu cristiano, la ética profesional y la responsabilidad hacia la sociedad. Para garantizar este aspecto en la formación de los estudiantes, ha establecido un convenio con la Prelatura del Opus Dei, institución de la Iglesia Católica. En la actualidad forman parte de la Prelatura más de 84,000 personas de los cinco continentes.

